Nguyên nhân chủ yếu dẫn đến tai nạn của phương thức vận tải này là do điều kiện tự nhiên (thời tiết,khí hậu, vị trí địa lí,...) và các nguyên nhân của con người (quản lý tàu, hàng hoá, quản lí chạy tàu và điều tàu, chất lượng tàu, chất lượng của thuỷ thủ,...). Dẫn đến các tai nạn phổ biến như: Lật tàu,chìm tàu, không kiểm soát được tàu, va chạm giữa các tàu do thiếu tầm nhìn hoặc người lái tàu không biết xử lí, cháy nổ hàng hoá, hàng hoá không cân bằng làm mất thăng bằng,...)